Construction d'un graphe de connaissances à partir des annotations d'articles scientifiques et de leur contenu en sciences de la vie
Construction d'un graphe de connaissances à partir des annotations d'articles scientifiques et de leur contenu en sciences de la vie
Résumé
In this paper, we present an RDF knowledge graph to describe, structure and integrate annotations of named entities automatically extracted by the Alvis NLP tool from scientific publications on wheat genetics and phenotyping. These named entities refer to the names of genes, traits, phenotypes, markers and varieties involved in wheat breeding. However, once extracted, these annotations are stored in
a raw format making it difficult for researchers to exploit?them. Hence, our interest in transforming (lifting) them into?a format compatible with linked data publication standards
in order to build a knowledge graph in which knowledge?coming from both genomic knowledge bases and scientific articles has been semantically described and integrated.
Based on a set of competency questions formulated by a?domain expert, we validated the relevance of the proposed?model and consequently the generated knowledge graph.
Dans ce papier, nous présentons un graphe de connaissances RDF permettant de décrire, structurer et intégrer des annotations d'entités nommées extraites automatiquement par l'outil Alvis NLP à partir de publications scientifiques portant sur la génétique et le phénotypage de blé. Ces entités nommées se réfèrent à la fois à des noms de gènes, traits, phénotypes, marqueurs et variétés impliqués dans la culture du blé. Cependant, une fois extraites, ces annotations sont stockées dans un format brut rendant difficile leur exploitation par les chercheurs. D'où, notre intérêt de les transformer (lifter) en un format compatible avec les standards de publication de données liées afin de construire un graphe de connaissances dans lequel des entités provenant à la fois de bases de connaissances génomiques et d'articles scientifiques ont été sémantiquement décrites et intégrées. Basé sur un ensemble de questions de compétence formulées par un expert du domaine, nous avons validé la pertinence du modèle proposé et par conséquent le graphe de connaissances généré.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)